第一章：

　E.U.聯盟和布裏塔利亞帝國曠日持久的戰爭在皇歷2010年發生轉機，帝國派出壓倒性的兵力突襲遠東日。在很短的時間內，日本這個國家不復存在，從此作為“11區”寫入歷史。舊日本人民流往世界各地，飽受歧視，心中滿是憤懣和不甘。2017年，E.U.聯軍132部隊向聖彼得堡挺進，但遭到帝國軍隊的圍困，面臨全軍覆沒的危險。聯軍少校蕾拉·瑪露卡爾（阪本真綾 配音）將舊日本青年組成非正規軍W Zero部隊，並提出以這支部隊營救132部隊的建議。但是在最為兇險的前線，他們不過肩負著犧牲自己來營救友軍的悲哀命運。慘烈的對決過後，W Zero部隊的中尉日向瑛鬥（入野自由 配音）成功完成任務。 

　　而戰爭還遠遠未曾結束，新的陰謀與危機浮出水面……

第二章：

　　革命歷228年，E.U.聯盟聯軍少校蕾拉·瑪露卡爾（阪本真綾 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期間化險為夷，將企圖綁架吉恩·史麥拉斯將軍（石冢運升 配音）的11區日本少年成瀨幸也（松岡禎丞 配音）、佐山流（日野聰 配音）和香阪彩乃（日笠陽子 配音）招募到W Zero部隊。在另一邊的帝國內，信·修加·夏音度（松風雅也 配音）成功篡位，被封為聖米迦勒騎士團的團長，即將迎來和阿基德的宿命重逢。E.U.聯盟對成瀨等人充滿不信任感，時刻密切監視著他們。不久，聯盟決意將W Zero部隊空投至帝國的腹地華沙執行死亡任務。蕾拉堅持和阿基德以及新加入的三個戰士同往，等待他們的是聖米迦勒騎士團的強敵……

第三章：

　　E.U.聯盟和布裏塔利亞帝國的戰爭仍未迎來終結的時刻，而此時雙方內部則悄然發生這足以引起嚴重連鎖反應的巨變。張揚跋扈、不可一世的朱利葉斯•金斯利（福山潤 配音）在樞木朱雀（櫻井孝宏 配音）的陪同下取得了前線指揮權，淩駕於布列塔尼亞帝國所有權貴重臣之上。在紛紛擾擾的權力鬥爭中，聖米迦勒騎士團的團長信•修加•夏音度（松風雅也 配音）躲在暗處，相機而動。對手一方，名為“方舟船隊”的革命組織揚言發動恐怖襲擊，從而在E.U.控制下的巴黎引發暴亂，軍方的反對派勢力則趁機蠢蠢欲動。此前空降到華沙的阿基德（入野自由 配音）和蕾拉•瑪露卡爾（阪本真綾 配音）等人因種種原因流落街頭，他們遇到了一群奇怪的老太太，從而過上了幾天難得的輕松生活，彼此間似乎也多了些心靈上的交流。 

　　這是風暴前夕最後的平靜時刻……

第四章：

革命歷228年，歐洲共和國聯盟（E.U.）因布裏塔尼亞軍師朱利葉斯·金斯利的計策而瀕臨崩潰。為阻止布裏塔尼亞的進攻，阿基德等人駕駛亞歷山大空降奇襲布裏塔尼亞的飛行兵器，並在當中與的無人機激烈交戰。一心想要為同伴約翰尼報仇的阿修雷·阿修羅早已埋伏於此，與阿基德、佐山流等發生戰鬥，最終因阿基德的Geass導致自己的紅色knightmare被毀。當阿基德將要殺死阿修羅時，幸也、綾乃等通過腦電波阻止了阿基德。只是，在這個時候，安排在飛行兵器中的定時炸彈，也倒計時結束了……

夏英格親自率領的聖米迦勒騎士團，以摧枯拉朽的強大攻擊力蕩平城中的守備力量。另一方面，E.U.東部前線部隊撤退以及內部政客自亂陣腳，致令聯盟發生毀滅性的動蕩。

最終章：

暴走するシンのギアス。兄との最後の戦いを決意するアキト。ユキヤの放った爆弾によりユーロ・ブリタニア軍を三分の一に減らすことは出來たが、ヴァイスボルフ城を包囲されたwZERO部隊が圧倒的に不利な狀況にあることは変わらない。そこに敵であったアシュレイが新たな仲間として加わる。アキトは最後の戦いを前に、自らの髪を切りレイラに渡す。

「今度の戦いでもし死んで、死體も殘らなかったら……これを」

レイラはアキトを見つめる。

「私はもっとアキトと話したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一緒にここへ帰ってきてください」

ひとの心が一つに結ばれるとき、運命の秘密が明らかになる。真実が示す未來は果たして希望か絕望か。運命の闘いがついに終局を迎える――。